Wasserstoff kann die Aktivität mikrobieller Gemeinschaften modulieren und so ein ausgewogenes Mikrobiom fördern. Dysbiose, die den H₂-Stoffwechsel stört, wird auch mit entzündlichen Darmerkrankungen wie z. B. Kolitis in Verbindung gebracht, bei denen Veränderungen der Hydrogenase-Enzymaktivität die mikrobielle Zusammensetzung und die Darmgesundheit beeinträchtigen. Aber darüber hinaus steigert H2 auch die Produktion kurzkettiger Fettsäuren, der primären Energiequelle für Kolonozyten. Dies schützt nachweislich die Darmwand und das Auftreten von „durchlässigem Darm“ (Lücken in der Darmschleimhaut, durch die Bakterien austreten und Entzündungszellen eindringen können) zu reduzieren. Magenunterstützende Wirkung hat eine Wirkung auf das Darmmikrobiom, fördert die Darmgesundheit und minimiert bzw. korrigiert Dysbiose – und zwar unabhängig davon, wie der Wasserstoff aufgenommen wird. Wasserstoff lindert Darmentzündungen und oxidativen Stress.